Dat Bodemcentrum en de betrokken overheden nauwe banden met elkaar onderhouden, is vanzelfsprekend.
Door de Minister van Infrastructuur & Milieu is Stichting Bodemcentrum aangewezen als coördinerend rechtspersoon in het kader van de Bedrijvenregeling. Dit houdt in dat Bodemcentrum bij haar projecten zelfstandig subsidie of cofinanciering kan toekennen aan bedrijven met een historische bodemverontreiniging op hun bedrijfsterrein.
In samenwerking met de bevoegde overheden (provincies en grotere gemeenten) heeft Bodemcentrum richtlijnen, procedures en checklists ontwikkeld, die worden toegepast bij het uitvoeren van bodemsaneringen. Deze documenten zijn bedoeld als handreikingen voor het bevoegd gezag. U kunt deze "Richtlijnen" via deze website downloaden.
Bodemcentrum treedt in de plaats van het bedrijf dat een bodemsanering wil uitvoeren, neemt de wettelijke saneringsverplichtingen van het bedrijf over, vraagt vergunningen en beschikkingen aan en is zodoende primair aanspreekpunt voor het bevoegd gezag.
Nederland kent 42 bevoegde overheden op het terrein van ernstige gevallen van historische bodemverontreiniging.
In de praktijk werkt Bodemcentrum met één of twee vaste contactpersonen per bevoegd gezag.
Op verzoek van de betrokken provincies en grotere gemeenten gaat Bodemcentrum in 2012 ook een bijdrage leveren aan de nadere analyse en actieve benadering van de circa 8.000 aanmeldingen van bedrijven voor de Bedrijvenregeling die bij de bevoegde overheden zijn binnengekomen.